闽南地区的神仙信仰体系丰富多样，主要神祇包括：
一、四大主神
保生大帝（医神） 本名吴本，宋代医者，因医术高明被封为“大道公”“吴真人”等，后演变为闽南地区最具影响力的医药之神，主掌健康与医疗。
妈祖（海神）
本名林默娘，北宋湄洲渔女化身，象征海洋与平安，被尊为“天后”“灵惠昭应夫人”等，是航海与海洋保护的核心神祇。
广泽尊王（忠孝神）
唐代孝子郭忠福，因忠孝事迹被神化，泉州凤山寺为其祖庙，兼具宗族保护与护国职能。
玄天上帝（上帝公）
北方玄武七宿之一，对应斗宿，闽南民间称其为“上帝公”“帝爷公”，源于星宿崇拜。
二、其他重要神祇
清水祖师（雨神）： 安溪人信仰核心，以济世救民著称，主掌降雨与航海平安。 关帝爷（武圣）
三平祖师：道教护法神，主掌阴阳两界，信仰广泛于闽南。
三、地方特色神祇
大普公：梅峰山神祇，与关帝、哪吒等齐名，主宰一方平安，庙宇多次因城市发展调整位置仍保留。
五福大帝：明代五位举子化身，驱疫避灾，福州白龙庵为其祖庙。
四、体系与传播
闽南神仙信仰多与“五府六部”体系融合，例如：
护国府：开闽圣王（王审知）主政福建
驱瘟府：五福大帝（张元伯等）镇压瘟疫
这些神祇通过宗教建筑（如妈祖祖庙、保生大帝殿）和民俗活动（如正月初九拜天公）深入民间，形成独特信仰文化。