南禅寺在不同历史时期有多个名称，具体如下：
一、历史名称演变
护国寺 南禅寺最初名为护国寺，始建于南朝梁武帝太清年间（公元502年），是南朝四百八十寺之一。
灵山寺
唐咸亨年间（公元670-674年），因佛教兴盛而改称灵山寺。
福圣禅院
北宋雍熙年间（公元984年）重建时赐额“福圣禅院”，成为俗称。
妙光塔
北宋崇宁三年（1023-1031年）重修时增建妙光塔，塔高43.3米，为七级八面阁楼式，是江南地区著名的佛教建筑。
二、其他相关名称
江南最胜丛林： 南朝时期及北宋时期对南禅寺的美誉。 瑞龙山太平兴国南禅禅寺
三、总结
南禅寺历经多次更名，反映了其作为佛教名刹的兴衰变迁。其核心名称演变脉络为：护国寺→灵山寺→福圣禅院，而妙光塔作为重要建筑载体，进一步提升了其历史地位。