鳄龟的命名涉及物种分类学中的属种划分，不同来源存在一定差异，综合整理如下：
一、主要分类体系
科属分类 鳄龟科分为 真鳄龟属
和 拟鳄龟属两个属。
真鳄龟属：仅包含 真鳄龟种（俗称大鳄龟），无亚种。
拟鳄龟属：包含4个亚种，即北美小鳄龟、佛州拟鳄龟、南美小鳄龟、中美小鳄龟。
俗称分类
大鳄龟：真鳄龟属，背甲隆起，俗称“凸背鳄龟”。
小鳄龟：拟鳄龟属，背甲平直，俗称“平背鳄龟”。
二、常见名称汇总
| 科属 | 学术名称 | 俗称 | 分布区域 |
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| 真鳄龟属 | *Macrochelys temminckii* | 大鳄龟 | 北美洲美国东南部 |
|| *M. apalachicolae*| 阿帕拉契可拉河鳄龟 | 美国阿巴拉契亚地区 |
|| *M. suwanniensis* | 苏旺尼鳄龟 | 南美洲北部 |
| 拟鳄龟属 | *Chelydra acutirostris* | 南美拟鳄龟 | 南美洲洪都拉斯至厄瓜多尔 |
|| *Chelydra rossignonii* | 中美拟鳄龟 | 墨西哥南部至加勒比|
|| *Chelydra serpentina*| 佛州拟鳄龟 | 美国佛罗里达半岛 |
|| *Chelydra nelsoni*| 佛州亚种 | 美国佛罗里达州 |
三、补充说明
学术争议： 部分资料提到真鳄龟属新确立3个种（如阿帕拉契可拉河鳄龟），但主流分类仍以4个亚种为主。 俗称差异
综上，鳄龟的正式学名包含2属4种，而日常交流中常以大鳄龟、小鳄龟及4个亚种来区分。