明朝的特务机构数量如下：
锦衣卫：
成立于明太祖洪武十五年（1382年），是明朝的一个特殊机构，具有军事和警察职能，负责皇帝的安全和侦缉工作。锦衣卫在明朝历史中发挥了重要作用，其权力曾一度非常庞大。
东厂：
明成祖朱棣于永乐十八年（1420年）设立，是明朝的另一个重要特务机构，主要负责监视百官和打击政治敌人。
西厂：
明宪宗于成化十三年（1477年）设立，是明朝的一个特务机构，与东厂类似，负责侦缉和打压异己。
大内行厂：
明正德五年（1510年）设立，由刘瑾主导，后因刘瑾被杀而被撤销。
综上所述，明朝的特务机构主要包括锦衣卫、东厂、西厂和大内行厂，其中锦衣卫、东厂和西厂最为著名且长期存在。大内行厂存在时间较短，且权力较大，但最终被撤销。