签署电子保密协议的方法如下：
确定协议双方
明确参与保密协议的各方主体，包括签署方的名称、地址、联系方式等信息，确保各方的身份清晰可辨。
选择合适的电子签名平台
利用专业的电子签名服务提供商，这些平台通常具备合法的电子签名认证机制，能保障签名的真实性和法律效力。
起草保密协议内容
协议应明确保密的范围、期限、双方的权利和义务，如不得向第三方披露保密信息、在协议期限内承担保密责任等。同时，可约定违反协议的违约责任和解决争议的方式。
签署协议
双方在电子签名平台上各自使用合法的电子签名对协议进行签署。电子签名应符合相关法律法规的要求，如采用可靠的技术手段确保签名的不可篡改和唯一性。
保存协议
签署后的电子保密协议应妥善保存，可将其存储在安全的电子文档管理系统中，并确保备份的副本安全存储，以便日后查阅和验证。
注意事项
法律认可性：确保所选的电子签名方式符合相关法律法规的要求，以保障协议的法律效力。某些国家或地区对电子签名和电子合同的法律认可存在差异，因此需要特别注意。
安全性：电子版保密协议可以采用密码保护、数字签名和安全加密等技术，确保协议的安全性，防止非授权访问和篡改。
确认方式：确认协议内容无误后，可以通过电子签名或传真等形式进行签署，双方需在协议的指定部分签字并附上日期。
通过以上步骤，可以确保电子保密协议的有效性和安全性，为双方提供可靠的法律保障。